Nach heutigem Wissenstand leben in den österreichischen Gewässern insgesamt 74 Fischarten. Davon gelten 15 Arten als nicht autochthon (ursprünglich), das heißt, sie wurden eingebürgert bzw. deren Bestände sind nur durch regelmäßigen künstlichen Besatz aufrecht zu erhalten. Die Anzahl der rezenten, autochthonen Neunaugen- und Fischarten beträgt daher insgesamt 59 Arten.
So erfreulich es ist, dass in Österreich noch 59 Fischarten leben, so dramatisch ist es um die Bestandsentwicklung bestellt: 37 Arten werden bereits in der Roten Liste gefährdeter Tierarten geführt. Das Überleben von zwei Arten ist besatzabhängig, fünf Arten sind akut vom Aussterben bedroht, sieben stark gefährdet, zwölf gefährdet, neun potentiell gefährdet und bei zwei Arten ist der Status ungewiss.
In den Flüssen und Bächen des Vulkanlandes (Mur, Raab, Feistritz, Lafnitz und Nebenbäche)leben derzeit 43 autochthone Fischarten mit unterschiedlichem Gefährdungsgrad. Nur 10 Arten sind derzeit nicht gefährdet oder bedroht.
Die Gefährdungsursachen der heimischen Fischfauna können zum überwiegenden Teil auf die anthropogenen Veränderungen zurückgeführt werden. Neben dem Aspekt der Abwasserbelastung, die aber in den letzten Jahren verringert wurde, sind Regulierungsmaßnahmen, Wildbach und Lawinenverbauung, Wasserkraftnutzung, Stauhaltung, Schwellbetrieb, Geschieberückhalt und Geschiebebaggerungen sowie die unterschiedlichen Freizeitnutzungen der Gewässer die Hauptfaktoren, die zur heutigen Gefährdungssituation geführt haben.
Derzeit bemüht sich die Wasserwirtschaft alle Wanderhindernisse, wie Sohlstufen und Wehranlagen (Kraftwerke, Mühlen) durch geeignete Aufstiegshilfen für Fische passierbar zu gestalten. Weiters werden an den Flüssen mit Aufweitungen (z. B.: Muraufweitung in Gosdorf) und Altarmanbindungen (Rohr an der Raab, Kirchberg) wichtige Rückbaumaßnahmen durchgeführt.
Mit diesen Maßnahmen haben seltene und gefährdete Fischarten wieder vielfältige Lebensräume erhalten.